Misi Puskesmas Pekuncen II adalah:
- Mendorong kemandirian masyarakat untuk hidup sehat;
- Meningkatkan kinerja dan mutu pelayanan kesehatan;
- Meningkatkan profesionalisme sumber daya manusia;
- Meningkatkan kerjasama lintas program dan lintas sektoral;
- Meningkatkan tertib administrasi dan keuangan.
